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1、BrainNet Viewer工作流程: 可分成四局部:读入文件、设置绘图格式、网络显示和结果导出。BrainNet Viewer定义4中可读入的文件:1)脑曲面文件Brain surface files:ASCII文件,后缀名为nv,包含了脑曲面的上的顶点和三角面片信息。2)节点文件node files:ASCII文件,后缀名为node,为n6的矩阵,包含了节点的坐标、颜色、大小和标签信息3)边文件edge files:ASCII文件,后缀名为edge,为nn的矩阵,即节点间的相关矩阵4)三维图像文件volume files:NIFTI或Analyze格式,后缀名为配对的hdr和img该文件
2、仅用于体素到曲面的映射绘制.主要功能:1脑网络的多视角显示(2) 显示多种由脑曲面,节点和边构成的不同组合(3) 多种方式调节节点的颜色和大小(4) 多种方式调整边的颜色和大小(5) 自定阀值来提取相关矩阵中的边信息(6) 实现体素图像到曲面的映射(7) 支持输出常用的包括TIFF、BMP、JPEG、PNS和EPS五种格式图片(8) 支持输出图片尺寸和分辨率的调整(9) 可进展放大和缩小,旋转等交互式操作功能和使用:(1)Installation 翻开matlab,把BrainNet Viewer添加当前路径注意全是英文路径,否则出现读取错误,在matlab 工作区输入BrainNet即翻开如
3、以下图片: Fig 1.BrainNet Viewer界面2picture:产生的组合图片。提供参考 Fig.2 各种组合3Load Files点击File-Load File出现以以下图片: Fig.3 加载界面1.点击BrowseSurface file选择.DataSurfTemplateBrainMesh_ICBM152.nv(BrainNet Viewer提供2中不同类型的大脑模板CH2ICBM152,根据自己所需,选择不同模板)2. 点击Browsenode选择.DataE*ampleFilesAAL90Node_AAL90.node(可以选择不同节点模板,一共提供ALL90、Br
4、odmann82、Custom、Dos160、Fair34、HOA112、LPBA40,在这其中进展选择)3. 点击Browseedge选择.DataE*ampleFileAAL90Edge_AAL90_Binary.edge4. 点击Browsevolume选择双样本t检验结果。点击OK:(4) Visualize option1Layoutpanel如以下图 Fig4.BrainNet选择 Fig5.不同选择产生不同结果2. Global panel Fig6全脑控制面板和各种全脑样本3. Surface panel Fig 7外外表板和双脑模型4. Node panel Fig8 节点控
5、制面板5. Edge panel Fig.9边控制面板和边、节点外表的组合6. Volume panel Fig.10 三维控制面板和三维脑外表现象表示7. Image panel Fig.11 图像控制面板操作实例:1Brain Surface Fig.12大脑外表直接在BrowseSurface中输入.DateSurTemplateBrainMesh_ICBM152.nv,其他默认设置,点OK。(2) Nodes在Browsenode中输入.DateE*ampleFilesAAL90Node_ALL90.node在Node选项中Label选Above Threshold设置大小为1.94,
6、;在color中选取Colormap,点OK。图像如下: Fig.13节点(3) Surface&Nodes1. BrowseSurface参加.DateSurTemplateBrainMesh_ICBM152.nv。2. .Browse(Node)中参加.DataE*ampleFilesAAL90Node_AAL90.node。3. 在Node选项中Color选取中选取Modular选项,其他不变点OK,图像产生如下: Fig14.节点和外表(4) Nodes&Edges1. Browse(Node中参加.DataE*ampleFilesAAL90Node_AAL90.node。2. Bro
7、wseedge中参加.DataE*ampleFilesAAL90Edge_AAL90_Binary.edge。 在Node选项中选取Color的Modular;在Edge中选取Node module。图像如下: Fig15.节点和边(5) Surface mapping1点击BrowseSurface参加.DateSurTemplateBrainMesh_ICBM152.nv,2. 1选择BrowseVoluse参加mark_user_ReslicedResliced_FG.nill(此为双样本t检验产生的结果55-56区) Fig.16感兴趣区3. 在Global中的Object Material选择Shiny;在Surface中选取0.70,其他不变。 2.2选择BrowseVoluse参加t-twospm_0001.img(此为注意和非注意实验下产生双样本检验的结果: Fig.17注意区2.3选择BrowseVoluse参加mark_user_ReslicedResliced_FG.nill(此为双样本t检验产生的结果55-56区)在layout中选取A*ial;在Surface中选取0.70在Volume中选取ROI drawing, Fig.18感兴趣区